All'interno dell' Orto Botanico di Urbino, originariamente un grande orto comunicante con il convento di San Francesco, oggi annesso alla Facoltà di Scienze, Chimiche, Fisiche e Naturali dell'Università si trovano circa 2300 tipi di pante.  
Durante l'occupazione napoleonica l'orto fu trasformato dal Comune in Orto Botanico a beneficio della Libera Università. In seguito, dopo complesse vicende i Francescani lo cedettero allo stesso Comune,  che incaricò l'architetto Vincenzo Ghinelli di fornire il progetto della palazzina d'ingresso. Questa richiama infatti chiaramente il partito architettonico del Teatro con il corpo centrale in lieve aggetto che dà risalto alle quattro robuste semicolonne doriche: nell'intercolunnio centrale si inserisce l'arco del portone chiuso da un cancello; dal vestibolo interno una porta a vetri colorati mette in comunicazione con l'Orto che si ragguinge scendendo una larga scala in mattoni.

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